LAMMPSでrerunをする

Sat, 01 Nov 2025 17:08:12 +0900

LAMMPSを使う中で，計算したい物理量をfix computeもしくはthermoで指定し忘れることがあります．

普通にプログラム書いてポスト処理すればいいだけの話なんですが，できれば組み込みのコマンドで済ませたいときもあるでしょう．

そこで，rerunコマンドが用意されています．

LAMMPSの`rerun`コマンドとは

dumpファイルから座標等を読み取り，疑似的なシミュレーションをする機能．力場の変更による影響，取得したい物理量の追加，ポテンシャル (LJ, coulomb…) ごとの寄与度の確認等を行うことが可能．要はdumpファイルさえあれば後から色々計算できますよというもの．(https://docs.lammps.org/rerun.html)

`rerun`コマンドの注意点

では使ってみよう🤡❗となる前に注意しておくべきなのが，相互作用の計算が必要かどうかで行う作業が違うことです．

例えば座標のみで完結する平均二乗変位 (Mean Square Displacement : MSD) や動径分布関数 (Radial Distribution Function : RDF) は，相互作用の計算は必要ありません．

もしrerunで座標のみに依存した量を解析したいなら，相互作用の計算をしないようにスクリプトを変更しましょう．無駄な計算コストと時間を浪費しないためです．

この記事の概要

rerunの使い方を簡単に説明
rerunで高速な計算をするためのTips

事前準備

必要ない方もいるかもしれませんが，準備段階から書いておきます．実行環境はWSL2上のUbuntu 24.04.3 LTSで，LAMMPS (2Aug2023 Update1) を使用しています．

大体こういうtutorialのモデルは水でしょう (知らんけど)．なので今回は水分子で初期構造を作製します．簡単なTIP3Pモデルを使用．下記のスクリプト (in.make_water) は公式から引用して少し改変．(https://docs.lammps.org/Howto_tip3p.html)

in.make_water

units real
atom_style full
region box block -5 5 -5 5 -5 5
create_box 2 box bond/types 1 angle/types 1 &
 extra/bond/per/atom 2 extra/angle/per/atom 1 extra/special/per/atom 2

mass 1 15.9994
mass 2 1.008

pair_style lj/cut/coul/cut 8.0
pair_coeff 1 1 0.1521 3.1507
pair_coeff 2 2 0.0 1.0

bond_style zero
bond_coeff 1 0.9574

angle_style zero
angle_coeff 1 104.52

molecule water tip3p.mol
create_atoms 0 random 33 34564 NULL mol water 25367 overlap 1.33

fix rigid all shake 0.001 10 10000 b 1 a 1
minimize 0.0 0.0 1000 10000

reset_timestep 0
timestep 1.0
velocity all create 300.0 5463576
fix integrate all nvt temp 300 300 100.0

thermo_style custom step temp press etotal pe

thermo 1000
run 20000

# 本計算 (dumpファイルの生成)
reset_timestep 0
dump 1 all custom 10 output.dump id type x y z vx vy vz
dump_modify 1 sort id
run 100000

この入力ファイルは1分子の座標ファイルであるtip3p.molが必要なので，以下も同じ階層に置いておきます．

MD on Wind's Letter

LAMMPSでrerunをする

LAMMPSのrerunコマンドとは

rerunコマンドの注意点

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