Wind's Letter

デスク周りの環境

Sun, 11 Jan 2026 13:26:23 +0900

新年明けましておめでとうございます．
今年もよろしくお願いいたします．

PCを毎日使う性質上，デスク周りは勝手にパワーアップしていくものです．
ということで今回は令和最新版 (2026) デスク周りの環境を紹介．
ついでに雑談も挟みます．

PC

数年前まではノートPCをモニターに繋いでクラムシェルとして用いていたのですが，メインのゲーム環境をPCに移行したいと思い，2024年秋頃にデスクトップを自作．

それまでノートにGPU box (RTX 3060Ti) を外付けで使うというなんともニッチで非効率なことをしていましたが，流石に限界を感じたのも大きな理由．あとノートPCはポートが足りなさすぎる…

こんな構成です．

CPU: AMD Ryzen 7 9700X
GPU: GIGABYTE GV-N5070WF3OC-12GD (GeForce RTX 5070)
メモリー: Crucial CP2K16G56C46U5 (DDR5-5600) 16GB×2
ストレージ: Crucial CT1000T500SSD8JP 1TB
CPUクーラー: DeepCool AK620
マザーボード: GIGABYTE B650E A ELITE X ICE
電源: Fractal Design Ion+ 2 Platinum 860W
ケース: Fractal Design Define 7 Solid White

👆人に見せる配線ではない

CPUの9700Xはかなり優秀で，8コアと昨今の多コアIntelより見劣りしますがTDP65Wなので省エネ．発熱が少ないことは長寿命化にも貢献するので尚良し．当時は60kくらいで買った記憶がありますが，今見てみたら45kなので更におすすめできます．ゲームなら9800X3Dと言われているけれども，数十fpsのために25kを追加で払えるかというところ．グラボがRTX系列ならDLSSやフレーム生成があるので，ネイティブ画質しか許せない人以外はグラボに投資した方が良いのではないでしょうか．

あとIntelは最近どうなったんでしょうかね．2024年はIntelが爆死した年なのでAMD一択でした．問題が起きているのはハイエンドなのでミドルクラスなら普通に使えるはずですが，次のモデルが出ても様子見かなぁ．シミュレーションやってる者からすると多コアは正義ですけども．

GPUは元々3060Tiを使用していましたが，WQHD140fpsターゲットでThe Finalsという重めのゲームをしているとGPU使用率が90％付近になるため，1年半くらいで5070に買い換えました (FullHDだと3060Tiで十分なんだけど)．買い換えてからは65％あたりで安定しているので安心してプレイできます．これでもDLSS有，レイトレ無，画質中設定なんだけど，どんだけThe Finalsが重いんだよという話ではあるが．後述のCrucialショックの余波で現在軒並み在庫が無くなってますね．買っといて良かった…

話は逸れますが，The Finalsは破壊表現と世界観と音楽が素晴らしいので600時間プレイしてもまだ飽きません．同じスタジオが出してるARC Raidersもそろそろやろうかな．

LAMMPSでrerunをする

Sat, 01 Nov 2025 17:08:12 +0900

LAMMPSを使う中で，計算したい物理量をfix computeもしくはthermoで指定し忘れることがあります．

普通にプログラム書いてポスト処理すればいいだけの話なんですが，できれば組み込みのコマンドで済ませたいときもあるでしょう．

そこで，rerunコマンドが用意されています．

LAMMPSの`rerun`コマンドとは

dumpファイルから座標等を読み取り，疑似的なシミュレーションをする機能．力場の変更による影響，取得したい物理量の追加，ポテンシャル (LJ, coulomb…) ごとの寄与度の確認等を行うことが可能．要はdumpファイルさえあれば後から色々計算できますよというもの．(https://docs.lammps.org/rerun.html)

`rerun`コマンドの注意点

では使ってみよう🤡❗となる前に注意しておくべきなのが，相互作用の計算が必要かどうかで行う作業が違うことです．

例えば座標のみで完結する平均二乗変位 (Mean Square Displacement : MSD) や動径分布関数 (Radial Distribution Function : RDF) は，相互作用の計算は必要ありません．

もしrerunで座標のみに依存した量を解析したいなら，相互作用の計算をしないようにスクリプトを変更しましょう．無駄な計算コストと時間を浪費しないためです．

この記事の概要

rerunの使い方を簡単に説明
rerunで高速な計算をするためのTips

事前準備

必要ない方もいるかもしれませんが，準備段階から書いておきます．実行環境はWSL2上のUbuntu 24.04.3 LTSで，LAMMPS (2Aug2023 Update1) を使用しています．

大体こういうtutorialのモデルは水でしょう (知らんけど)．なので今回は水分子で初期構造を作製します．簡単なTIP3Pモデルを使用．下記のスクリプト (in.make_water) は公式から引用して少し改変．(https://docs.lammps.org/Howto_tip3p.html)

in.make_water

units real
atom_style full
region box block -5 5 -5 5 -5 5
create_box 2 box bond/types 1 angle/types 1 &
 extra/bond/per/atom 2 extra/angle/per/atom 1 extra/special/per/atom 2

mass 1 15.9994
mass 2 1.008

pair_style lj/cut/coul/cut 8.0
pair_coeff 1 1 0.1521 3.1507
pair_coeff 2 2 0.0 1.0

bond_style zero
bond_coeff 1 0.9574

angle_style zero
angle_coeff 1 104.52

molecule water tip3p.mol
create_atoms 0 random 33 34564 NULL mol water 25367 overlap 1.33

fix rigid all shake 0.001 10 10000 b 1 a 1
minimize 0.0 0.0 1000 10000

reset_timestep 0
timestep 1.0
velocity all create 300.0 5463576
fix integrate all nvt temp 300 300 100.0

thermo_style custom step temp press etotal pe

thermo 1000
run 20000

# 本計算 (dumpファイルの生成)
reset_timestep 0
dump 1 all custom 10 output.dump id type x y z vx vy vz
dump_modify 1 sort id
run 100000

この入力ファイルは1分子の座標ファイルであるtip3p.molが必要なので，以下も同じ階層に置いておきます．

Hello World🤡

Sat, 01 Nov 2025 16:33:03 +0900

ブログ始めました．
サイト作成の方法はほとんど知らなかったのですが， Hugoを使うとかなり簡単に作成できました．
テーマも好みのものが見つかったので，とりあえずはこれで決まりですかね．
(なぜこんなテーマが良いのかは About に短く書きました．)

投稿する内容としてはシミュレーション手法(分子動力学がメイン)やしょうもない雑感日記になるかと．
理論の専門的内容に関しては先駆者がたくさんいるので，このブログでは痒い所に手が届く内容にする予定です．

無理のない範囲で続けられればと思います．

About

Mon, 01 Jan 0001 00:00:00 +0000

分子動力学シミュレーションを用いた実現象の解明に興味があります．

このブログでは普段の生活で得られた知見を放流できればと思います．

以下趣味について殴り書き

趣味：ゲーム

【個人的殿堂入りゲーム作品】

Fallout 3
Fallout New Vegas
The Finals
It Takes Two

Falloutにはかなり影響を受けた．このブログの外観は Falloutシリーズでおなじみのターミナルを意識している．見やすさより雰囲気を重視．いいのかそれで？

【その他印象に残っている作品】

ミリタリー
War Thunder World of Tanks Blitz Battlefield 1 Company of Heros 2 Call to Arms Gates of Hell

ハクスラ
Borderlands 2,3 Minecraft Dungeons EDF 4.1,5 Grim Dawn Diablo IIr,III Torchlight II Monster Hunter 3rd,world　新・光神話パルテナの鏡

建設
Factorio Astroneer Satisfactory Cities: Skylines Grounded

レース
Forza Hrizon 4,5

RPG
ドラゴンクエスト IX,XI 龍が如く 0,極,7 The Elder Scrolls IV: Oblivion Biohazard6 Dead Rising 3 Lost in Random ドラゴンクエストモンスターズジョーカー2,テリーのワンダーランド3D スライムもりもりドラゴンクエスト2 大戦車としっぽ団 マリオ&ルイージRPG2,RPG3!!! ロックマンエグゼ6